Dans ce deuxième épisode, pas question de changer une équipe qui gagne. Le scénario reprend donc tous les éléments du premier Syphon Filter et fait rebondir l’histoire à la fin du premier scénario. Le virus Syphon Filter va être vendu par l’Agence au profit d’une organisation terroriste. Gabe Logan et Xian Ling, les deux anciens membres de l’agence, poursuivis par leur propre pays comme espions vont devoir reprendre du service. Surtout que Xian est infectée par le virus et que pour Gabe, le temps est désormais compté. Grâce à l’aide d’une nouvelle organisation de contre-espionnage clandestine, nos deux héros vont quand même avoir les moyens d’empêcher la vente du Syphon Filter.